Das Institut für Epidemiologie beschäftigt sich mit der Epidemiologie einheimischer Tierseuchen (z.B. Blauzungenkrankheit, BSE, Schweinepest, „Vogelgrippe“), der Prävention nicht einheimischer Infektionskrankheiten (Risikobewertungen bei der Einfuhr, Frühwarnsysteme) und den biomathematischen und epidemiologischen Grundlagen der Risikobewertung. Mit modernen epidemiologischen Methoden, die auch auf mathematische Modelle und geografische Informationssysteme zurückgreifen, werden neue Erkenntnisse gewonnen, die in die praktische Tierseuchenbekämpfung einfließen. Darüber hinaus nimmt das Institut behördliche Aufgaben wahr, insbesondere im Zusammenhang mit dem Tierseuchennachrichtensystem (TSN) und dem Projekt TRACES der Europäischen Union, und beteiligt sich an der Entwicklung elektronischer Werkzeuge des Tierseuchenmanagements. Arbeitsgruppen, die unter Anwendung von labordiagnostischen Untersuchungen tätig sind, führen epidemiologische Studien durch. Die Evaluierung von Diagnoseverfahren für epidemiologische Zwecke sowie die Übernahme von Referenzfunktionen auf nationalem und internationalem Niveau bilden dabei eine wichtige Voraussetzung für eine optimale Validität der Studienergebnisse. Zu den Forschungsschwerpunkten gehören Tierseuchen, aber auch andere Tierkrankheiten mit wirtschaftlicher und/oder zoonotischer Bedeutung, beispielsweise Q-Fieber, Chlamydiose, Salmonellose, Infektionen mit Enterohämorrhagischen Escherichia coli, Toxoplasmose, Neosporose, Echinokokkose). Die Reservoirfunktion verschiedener Tierpopulationen für Tierseuchenerreger und wirtschaftlich bedeutsame Erkrankungen von Haustieren wird untersucht.

Das Firmenprofil lässt wie folgt beschreiben:

Das Friedrich-Loeffler-Institut, Bundesforschungsinstitut für Tiergesundheit (FLI) ist eine selbstständige Bundesoberbehörde im Geschäftsbereich des Bundesministeriums für Ernährung, Landwirtschaft und Verbraucherschutz (BMELV). Im Mittelpunkt der Arbeiten des FLI stehen die Gesundheit landwirtschaftlicher Nutztiere und der Schutz des Menschen vor Zoonosen, d. h. vor von Tieren auf den Menschen übertragbaren Infektionen.

Ziele sind die Entwicklung tierschutzgerechter Haltungssysteme, der Erhalt der genetischen Vielfalt bei Nutztieren, die effektive Verwendung von Futtermitteln für die Erzeugung qualitativ hochwertiger Lebensmittel und anderer tierischer Leistungen, sowie der Schutz vor Krankheiten durch eine verbesserte Diagnose, Vorbeugung und Bekämpfung von Tierseuchen und Zoonosen.

Das FLI gliedert sich in sieben Anstaltsteile mit elf Instituten. Am Hauptsitz Insel Riems sind die Institute für Molekularbiologie, für Virusdiagnostik, für Infektionsmedizin und für neue und neuartige Tierseuchenerreger angesiedelt. Am Standort Braunschweig arbeitet das Institut für Tierernährung, in Celle das Institut für Tierschutz und Tierhaltung. In Jena befinden sich die Institute für bakterielle Infektionen und Zoonosen und für molekulare Pathogenese. Am Standort Mariensee arbeitet das Institut für Nutztiergenetik. In Tübingen befindet sich das Institut für Immunologie. In Wusterhausen arbeitet das Institut für Epidemiologie.