Hauptziel der angewandten Forschungstätigkeit ist die Erarbeitung wissenschaftlicher Grundlagen für fischereipolitische Entscheidungen sowie die Überführung von Erkenntnissen der Grundlagenforschung in die Praxis zur Unterstützung und Entwicklung der Berufs- und Angelfischerei. Das Institut stellt seine Ergebnisse sowohl den Fischereiverwaltungen der Trägerländer als auch den Erwerbs- und Angelfischern sowie deren Verbänden zur Verfügung. Daneben beteiligt sich das Institut an der fischereilichen Hochschulausbildung verschiedener Universitäten. Mehr als 190.000 Angler sowie etwa 450 Haupt- und Nebenerwerbsbetriebe in Brandenburg und Sachsen-Anhalt profitieren direkt von den Tätigkeiten des Institutes.